La microscopía electrónica es una técnica que requiere instrumentos de alta complejidad y personal altamente especializado. Se utilizan la microscopía electrónica de transmisión o convencional y la de barrido.
Las muestras para microscopía electrónica deben fijarse en glutaraldehído, que se solicita al laboratorio de Anatomía Patológica con las instrucciones para la toma y fijación de la muestra. Los fragmentos deben ser pequeños y tienen que fijarse en forma de varios trocitos cuboideos de tejido de no más de 1 mm, obtenidos con hoja de afeitar o bisturí limpios. Las muestras se incluyen en resinas sintéticas (Epon) y se practican cortes 10 veces más delgados que los de microscopía de luz llamados cortes ultrafinos. La tinción se realiza con sales de metales pesados como citrato de plomo, tetróxido de Osmio o acetato de uranilo, que permiten un contraste adecuado del tejido bajo el haz de electrones. Los cortes ultrafinos se montan sobre grillas de cobre, se tiñen y se observan al microscopio electrónico. Para documentar los hallazgos es necesario obtener fotografías en blanco y negro de las preparaciones.
El objeto de este conjunto de técnicas, es la interacción de los electrones con la materia y la forma de obtener información tanto estructural como de caracterización de defectos. En muchos sentidos el microscopio electrónico ME ofrece una solución ideal a los problemas que presentan los microscopios ópticos (λ ~ 0.5μm) que no pueden obtener resolución atómica ya que la longitud de onda de la radiación incidente es demasiado grande. Con el SE ME pueden obtener electrones acelerados con λ asociada bastante menor a 1 Å, y por tanto no se puede obtener, al menos teóricamente, resolución atómica. Con las lentes adecuadas se puede transformar los electrones difractados en la imagen real. Además de usarse para difracción e imagen, el ME tiene otros usos.
Los electrones en el SE ME generan por efecto térmico-iónico en un filamento (cátodo) que es generalmente wolframio, y se monocromatizan acelerándolos a través d un potencial € en un sistema sometido a vacio. Para un voltaje de 100 KV, la longitud de onda asociada a los electrones es o.037Å (0.01Å para i MV). Los electrones interaccionan mucho la materia y f_e "~" 〖10〗^4 fx por lo que es posible la difracción de electrones de muestras gaseosas.
Sin embargo, la interacción entre los electrones es tan fuerte que no se cumple la teoría cinemática (fenómenos de difracción múltiples) y por lo tanto interpretar la difracción d electrones es muy complicado.
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